Srednji tok rijeke

Srednji tok, za razliku od gornjeg toka, karakterizira manja brzina vode temperature do 20°C, manja koncentracija kisika, te šljunkovito i pjeskovito dno. U vodenoj vegetaciji uz mahovine i alge kremenjašice dolaze zelene alge, nitaste bakterije i gljive. Među beskralješnjacima ističu se puževi i brojne ličinke kukaca. Zbog pogodnih životnih uvjeta veća je raznolikost živog svijeta pa tamo živi najviše vrsta riba.

Rijeku Kupu nastanjuje pet vrsta autohtonih i tri vrste invazivnih školjkaša. U karlovačkoj županiji najbrojnija je zaštićena vrsta obična lisinka (Unio  crassus), koja nastanjuje srednji i donji tok rijeke Kupe. Ostale vrste iz porodice Unionidae su slikarska lisanka, istočnoazijska bezupka, obična bezupka, te vrste koje nemaju hrvatski naziv Unio tumidus i Pseudoanodonta complanata. Školjkaši raznolika trokutnjača Dreissena polymorpha i krupnorebrasta kotarica Corbicula fluminea pripadaju stranim vrstama. Vrsta Unio elongatus česta je u rijeci Mirni u Istri. Školjkaši iz porodice Unionidae imaju važnu ulogu u mrijestu ribe gavčice (Rhodeus amarus). Ženka gavčice pomoću posebnog organa leglice ispušta ikru u ljušturu živog školjkaša, nakon dva do tri tjedna iz školjkaša izlaze male gavčice. Ribe imaju važnu ulogu u rasprostranjenosti i razvoju glohidija. Glohidije su ličinke nekih riječnih školjkaša (npr. obične bezupke) koje nekoliko mjeseci žive na škrgama nekih riba.